Um dem H1N1-Virus in Wacken nicht Tür und Tor zu öffnen, hatte das Schleswig-Holsteinische Landesministerium für Soziales, Gesundheit, Familie, Jugend und Senioren auf dem W:O:A Vorkehrungen getroffen. Einem Artikel von SPIEGEL Online zufolge wurden auf dem Gelände Isolationsräume eingerichtet, für den Fall, dass das Virus unter den Gästen sein sollte. Besucher mit Schweinegrippe-Symptomen (z.B. plötzlichem hohem Fieber, Krankheitsgefühl) wurden angehalten, unverzüglich die Sanitätseinrichtungen aufzusuchen.
Da dem Minsterium zufolge auf dem Festival „eingeschränkte hygienische Verhältnisse“ herrschen, gab es den Besuchern folgende Hinweise an die Hand: „Enge Begrüßungsrituale (Umarmen, Wangenküsse, Händeschütteln) vermeiden“ und „Bierflaschen nicht ‚kreisen lassen‘„. Bislang sind keine Schweinegrippenfälle auf dem W:O:A bekannt geworden – ob das an diesen Sicherheitsvorkehrungen lag ist auch nicht bekannt.
